W profesjonalnym MMA zadebiutował w maju 2000 roku w japońskiej organizacji RINGS. Na gali Russia vs. Bulgaria wygrał z Martinem Łazarowem. Walcząc w RINGS odniósł 9 zwycięstw, pokonując min. Ricardo Aronę czy Renato Sobrala. W 2002 roku po zwycięstwie nad Chrisem Hasemanem został mistrzem RINGS w wadze ciężkiej. Walcząc dla tej organizacji poniósł pierwszą, i jak dotąd jedyną, porażkę w swojej karierze w walce z Tsuyoshi Kohsaką. Pojedynek ten do dziś budzi kontrowersje. Już w pierwszych sekundach walki Kohsaka rozciął uderzeniem łokciem łuk brwiowy Jemieljanienki. Sekundanci Rosjanina nie byli w stanie doraźnie zasklepić rany, więc walkę przerwano i ogłoszono zwycięstwo Japończyka przez techniczny nokaut. Zgodnie z ówczesnym regulaminem organizacji uderzenia łokciem w głowę były zabronione, więc starcie powinno
zostać przerwane i uznane za nierozstrzygnięte. Jednak z racji tego, że była to walka turniejowa i musiała wyłonić zwycięzcę, organizatorzy zdecydowali się ogłosić porażkę Jemieljanienki i awans Kohsaki do następnej rundy.
PRIDE FC W 2002 roku Jemieljanienko przeniósł się do PRIDE FC i w pierwszej walce pokonał przez decyzję Holendra Semmy Schilta. Po zwycięstwie z Heathem Herringiem, zmierzył się z mistrzem wagi ciężkiej Antonio Rodrigo "Minotauro" Nogueirą. Starcie to odbyło się w marcu 2003 na gali Pride 25 i uznawane jest za jedną z najlepszych walk Jemieljanienki. Przez trzy rundy Rosjanin, znajdując się w gardzie, atakował Brazylijczyka, raz za razem zadając potężne ciosy. Wygrał przez jednogłośną decyzję i zdobył mistrzowski pas, który dzierżył do końca istnienia PRIDE FC.
Trzy miesiące później stanął do walki z japońskim zapaśnikiem Kazujukim Fujitą, i omal nie został znokautowany po otrzymaniu celnego ciosu sierpowego. Jednak wyszedł z opresji i wygrał walkę przez duszenie zza pleców. Następnym pojedynkiem miała być walka z głównym pretendentem, gwiazdą K-1 Mirko "Cro Copem" Filipoviciem. Do walki nie doszło, gdyż Fiodor złamał palec w walce z weteranem MMA Garym Goodridgem.
W 2004 roku wystartował w turnieju Pride Grand Prix, pokonując kolejno: byłego mistrza UFC i zwycięzcę Pride Grand Prix 2000 Marka Colemana, byłego mistrza UFC Kevina Randlemana oraz wielokrotnego mistrza świata judo Japończyka Naoyę Ogawę. Każdą z tych trzech walk wygrał przez poddanie. W finale turnieju ponownie spotkał się z Noqueirą, ale po przypadkowym zderzeniu głowami, w wyniku którego Rosjanin doznał głębokiego rozcięcia na czole, walkę przerwano i uznano za nierozstrzygniętą. Pojedynek powtórzono w grudniu 2004 roku na gali Shockwave i ponownie zdecydowanie wygrał Jemieljanienko.
W kwietniu 2005 roku Jemieljanienko zrewanżował się Kohsace, kiedy to na gali Pride Bushido 6 pokonał go przez techniczny nokaut. W sierpniu tego roku na gali Final Conflict doszło do długo oczekiwanej walki Fiodora z Mirko Filipoviciem. Rosjanin, w obawie przed znakomitymi umiejętnościami kick-boxerskimi Chorwata, trenował przez kilka tygodni boks tajski pod okiem Ernesto Hoosta, czterokrotnego mistrza K-1. Dzięki temu zaprezentował cały arsenał kopnięć i uderzeń, kontrolując walkę w stójce. Zdecydowaną przewagę osiągnął w parterze, gdzie zmusił Chorwata do ciągłej obrony. Co więcej Jemieljanienko wspominał po walce, że kontuzja ręki uniemożliwiła mu wykorzystanie jego umiejętności chwytacza.
Bardzo udany rok 2005 zakończył na gali Shockwave, błyskawicznie nokautując Brazylijczyka Zuluzinho.
W 2006 roku poddał się skomplikowanej operacji ręki, która wykluczyła go z turnieju Open Weight Grand Prix. Powrócił na ring w październiku 2006 roku na pierwszej gali Pride w USA, gdzie ponownie przez poddanie pokonał Marka Colemana. Gdy Filipović wygrał turniej Open Weight Grand Prix, spekulowano nad możliwą walką rewanżową pomiędzy nim a Jemieljanienką. Jednak starcie nie doszło do skutku, gdyż Chorwat wkrótce odszedł do UFC.
Jemieljanienko bronił więc tytułu w walce przeciwko byłemu mistrzowi K-1 Markowi Huntowi. Hunt to typowy uderzacz, posiadający małe doświadczenie w walce w parterze, mimo to założył Jemieljanience dźwignie na ramię, ale nie był w stanie zmusić go do poddania. Kilka minut później Fiodor sam założył mu dźwignię, wygrywając walkę.
Kolejną walkę Jemieljanienko stoczył w Petersburgu w kwietniu 2007 roku na gali BodogFIGHT (dzięki klauzuli w kontrakcie z PRIDE, zezwalającej na starty dla innych promotorów), pokonując srebrnego medalistę olimpijskiego z Sydney w zapasach klasycznych Matta Lindlanda. Pojedynek ten obserwowali prezydenci Władimir Putin oraz Jacques Chirac.
M-1 Global W 2007 r. PRIDE FC zostało sprzedane UFC. Rosjanin stał się wolnym agentem i przystąpił do negocjacji z władzami tej organizacji. Spekulowano o możliwej walce z najbardziej utytułowanym zawodnikiem UFC w historii Randym Couturem. Jemieljanienko uznał jednak, że proponowane mu warunki (m.in. zakaz udziału w turniejach sambo) są nie do przyjęcia. Ostatecznie związał się więc z organizacją M-1 Global, podpisując w październiku 2-letni kontrakt na 6 walk (z klauzulą zezwalającą mu na walki dla innych promotorów)[5]. W 2008 r. został również jej współwłaścicielem. Pod szyldem M-1 Global, na gali Yarennoka! w grudniu 2007 roku, stoczył walkę z koreańską gwiazdą K-1 Hong Man Choiem. Wygrał ją przez poddanie.
Affliction W 2008 roku M-1 Global podjęło współpracę z nowo powstałą amerykańską organizacją Affliction Entertainment. 19 lipca 2008 r. podczas gali Affliction: Banned Jemieljanienko zmierzył się w walce o tytuł mistrza świata WAMMA w kategorii ciężkiej z byłym dwukrotnym mistrzem UFC Timem Sylvią. Pokonał go przez duszenie zza pleców w 36 sekundzie walki. 24 stycznia 2009 r. (gala Affliction: Day of Reckoning) obronił tytuł przeciwko innemu byłemu mistrzowi UFC Białorusinowi Andrejowi Arłowskiemu, nokautując go w pierwszej rundzie
Trzecia walka w obronie pasa mistrzowskiego była planowana 1 sierpnia podczas gali Affliction: Trilogy. Jednak przeprowadzona wcześniej kontrola antydopingowa wykryła w próbce moczu rywala Rosjaniana, Josha Barnetta, ślady sterydu anabolicznego drostanolonu. Sankcjonująca walkę California State Athletic Commission odmówiła w rezultacie wydania licencji Amerykaninowi, a całą galę organizatorzy postanowili odwołać. 24 lipca Affliction ogłosiło wycofanie się z dalszej działalności promotorskiej.
Strikeforce.Na początku sierpnia, po kolejnych nieudanych negocjacjach z UFC, Jemieljanienko podpisał kontrakt na trzy walki z amerykańską organizacją Strikeforce, która równocześnie nawiązała ścisłą współpracę z jego grupą promotorską M-1 Global. Pierwsza współorganizowana przez obie organizacje gala, na której wystąpił Rosjanin, odbyła się 7 listopada 2009 roku w Hoffman Estates. W walce wieczoru Jemieljanienko zwyciężył niepokonanego dotychczas Bretta Rogersa przez techniczny nokaut w drugiej rundzie.
OSIĄGNIĘCIA(MMA):
* 2008-obecny: Mistrz World Alliance of Mixed Martial Arts (WAMMA) w wadze ciężkiej
* 2004: Pride Grand Prix Heavyweight Tournament – 1. miejsce
* 2003-2007: Mistrz Pride FC w wadze ciężkiej
* 2002: Rings Kings of Kings Tournament – 1. miejsce
* 2001: Rings World Class Tournament – 1. miejsce w wadze ciężkiej
źródło: wikipedia